Bedeutung hat Sassnitz vor allem als Hafenort. Dank der hervorragenden Lage in der südlichen Ostsee kann der Sassnitzer Fährhafen gute und schnelle Verbindungen nach Nord- und Osteuropa anbieten.
Der Sassnitzer Fährhafen liegt im südlichen Teil der Stadt im Ortsteil Mukran an der Prorer Wiek. Es handelt sich um einen Tiefwasserhafen, welcher von nahezu allen für die Ostsee typischen Schiffgrößen angefahren werden kann. Dank der exponierten Lage ist ein schnelles Ansteuern direkt von See aus möglich. Der Sassnitzer Fährhafen ist der drittgrößte Hafen Deutschlands an der Ostsee und der größte in Gesamtdeutschland, was den Fährverkehr mit Eisenbahnen betrifft. Ferner ist er der einzige deutsche und mitteleuropäische Hafen, wo finnische, baltische und russische Waggons auf Breitspur aufgenommen werden können. Für diese gibt es in der Nähe des Hafens einen Umladeplatz auf Waggons mit deutscher Spurbreite. Für die nächsten Jahre wird ein deutlicher Anstieg des Güterumschlags prognostiziert. Der Hafen ist somit ein wichtiger Wirtschaftsfaktor für den Landkreis Vorpommern-Rügen und die gesamte Region.
Anlagemöglichkeiten gibt es für bis zu 8 Fährschiffe, einige davon verfügen über einen Anschluss an das Eisenbahnnetz. Einer der Liegeplätze verfügt über die Tiefe und Länge um auch von Kreuzfahrtschiffen angefahren werden zu können.
Die wichtigsten Fährverbindungen bestehen in das nahe (ca. 4 Stunden) schwedische Trelleborg sowie in das dänische Rønne. Hier gibt es in oft mehrmals täglich Fährverbindungen. In das Baltikum fährt dreimal pro Woche eine Fähre von Sassnitz nach Klaipeda sowie Fähren nach Ventspils. Einmal pro Woche existieren Verbindungen nach St. Petersburg sowie nach Ust-Luga, beides in Russland gelegen.
Der Sassnitzer Fährhafen war eines der letzen infrastrukturellen Großprojekte der Geschichte der ehemaligen DDR. Der Bau wurde in den 1980er Jahren begonnen, mit dem Ziel, eine schnelle und leistungsfähige Fährverbindung zur damaligen Sowjetunion aufzubauen. So sollte der Güterverkehr zwischen beiden Ländern gesichert werden, welcher wegen der unsicheren politischen Lage in Polen problematisch geworden war. Der Hafen wurde vor allem für den Militär- und Güterverkehr konzipiert. Nach der deutschen Wiedervereinigung wurde der Personenverkehr vor allem nach Skandinavien immer bedeutender, sodass die Infrastruktur des Hafens sukzessive ausgebaut wurde.